增值税抵扣凭证主要包括以下几种：
增值税专用发票
包括从销售方或提供劳务或服务方取得的增值税专用发票，以及小规模纳税人从税务机关代开的增值税专用发票。
抵扣依据为增值税专用发票上注明的增值税额。
海关进口增值税专用缴款书
从海关取得的海关进口增值税专用缴款书。
抵扣依据为进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
农产品收购发票
纳税人直接向农业生产者收购农副产品开具的收购发票。
增值税抵扣依据按照农产品收购发票金额和扣除率计算的进项税额。
农产品销售发票
购进农产品时取得的销售发票。
增值税抵扣依据按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和扣除率计算的进项税额。
机动车销售统一发票
纳税人购进车辆取得的销售方开具的机动车销售统一发票上注明的税额。
抵扣依据为发票上注明的税额，可从销项税额中抵扣。
代扣代缴完税凭证
从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
抵扣依据为完税凭证上注明的增值税额。
铁路电子客票、航空运输电子客票行程单、旅客运输普通发票、通行费电子发票
这些票据可以作为进项税额的抵扣凭证。
接受境外单位或者个人提供的应税服务，从税务机关或者境内代理人取得的解缴税款的完税凭证
抵扣依据为完税凭证上注明的增值税额。
增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，取得的通行费发票（不含财政票据）
抵扣依据为通行费发票上注明的增值税额。
建议企业在进行增值税抵扣时，确保所有凭证的合法性和有效性，并按照相关法规进行申报和抵扣，以避免税务风险。