农产品收购发票进项税抵扣的方法主要有以下几种：
凭票抵扣
一般纳税人：
从一般纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，按发票上注明的税额直接抵扣。
从小规模纳税人处购进农产品，取得征收率为3%的增值税专用发票的，按专用发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额抵扣。
从农业生产者处采购的免税农产品，农业生产者可开具免税的销售发票，采购方用发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额抵扣。
农业生产者未开具免税销售发票的，采购方自行开具农产品收购发票，按发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额抵扣。
计算公式：
进项税额 = 农产品买价 × 扣除率。
核定抵扣
税务部门对某些特定情况允许核定抵扣进项税额，具体操作方法需遵循当地税务部门的规定。
索赔抵扣
如果收购发票上的价格过高，可以向原出货商要求减免价格，从而减少索赔部分的进项税，进行抵扣。
其他抵扣方式
增值税一般纳税人购进农产品，取得农产品销售发票或收购发票的，还可以按照农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算进项税额抵扣。
建议
企业在进行农产品收购时，应尽量取得合法有效的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，以便直接进行进项税额的抵扣。对于无法取得这些凭证的情况，企业应自行开具农产品收购发票，并按照规定的扣除率计算进项税额进行抵扣。同时，企业应关注税务部门的最新政策，确保抵扣方式符合最新的税务规定。