电商公司处理发票的步骤如下：
顾客要求开具特定类别发票
电商企业应遵循国家税务总局的相关规定，按实际情况如实开具发票内容，避免使用如“日用品”、“食品”等大类发票进行报销，以防虚开发票带来的税务风险。
配送费发票的开具
若电商企业直接收取运费，该费用属于价外费用，需要缴纳增值税。例如，京东的开票方式中，这部分费用会按照“物流辅助服务”或“货运代理服务”来开具发票。
如果电商企业通过单独成立的物流公司或货运代理公司来提供配送服务，那么配送费发票应由这些公司直接向消费者开具，这样就不属于价外费用。
赠品发票的开具
根据四川税局的规定，买货赠送需要按销售货物与赠品公允价值的比例分摊确认销售收入，并在同一张发票上注明赠品信息。
有些地区采用了简化的方式处理买货赠送，例如广东税局允许按照销售折扣的方式开具发票。
使用优惠券购物的发票处理
企业需要按照各商品的公允价值分摊折扣金额，并以销售折扣的方式开具发票。
发票的开具与获取
纳税人在进行电子商务时必须开具或取得发票，未开具发票可能会导致不能及时入账抵扣，带来税金损失。
消费者在下单时应选择发票类型并填写相关信息，如发票抬头、纳税人识别号等。电商平台在收到申请后会审核发票信息，并按规定开具发票，电子发票会发送到消费者指定的邮箱，纸质发票则会邮寄给消费者。
发票的管理与统计
电商企业可以使用各种电子发票服务平台来简化发票管理，如小望电商通和票助手，这些平台支持多平台订单数据整合、批量开票、发票数据分析和报表生成等功能，从而提高运营效率并减少错误。
自动开票系统
票捷IMS等自动开票软件可以对接各大电商平台，实现自动开票和回传，减少人工操作，提高准确性和及时性。此外，这些系统还提供了一键红冲和重新开票功能，以及丰富的数据分析和报表功能。
通过上述步骤，电商公司可以有效地处理和管理发票事宜，确保合规并提高工作效率。建议电商企业选择适合的发票管理工具，以适应不同的业务需求和税务规定。