建设工程施工合同纠纷的管辖法院确定方式如下：
合同约定管辖法院：
合同当事人可以在合同订立时约定发生争议时的管辖法院，包括被告所在地或合同履行地法院。
法定管辖法院：
根据《民事诉讼法》规定，因合同纠纷提起的诉讼应由被告所在地或合同履行地人民法院管辖。
专属管辖：
建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，由不动产所在地人民法院管辖。
特殊情况下的管辖：
当建设工程施工合同未实际履行而发生纠纷时，法院管辖有特殊的规定，但具体规定未详细列出。
仲裁：
当事人还可以选择由仲裁委仲裁，但仲裁委的选择和仲裁的公正性需要考虑。
综上所述，建设工程施工合同纠纷的管辖法院可以是合同约定的法院、被告所在地法院、合同履行地法院或不动产所在地法院。选择管辖法院时，需遵守《民事诉讼法》的相关规定，并且不能违反专属管辖的规定。如果选择仲裁，需确保仲裁协议的有效性和公正性。