关于工商行政管理机关行政处罚案件中违法所得的认定，综合相关规范及搜索结果，具体方法如下：
一、基本计算原则
以当事人违法生产、销售商品或提供服务所获得的 全部收入，扣除其 直接用于经营活动的合理支出，作为违法所得。特殊规定另有处理的除外。
二、具体计算方式
违法生产商品 按违法销售收入扣除原材料购进价款计算。
违法销售商品
按违法销售收入扣除商品购进价款计算。
违法提供服务
按违法服务收入扣除服务所使用商品的购进价款计算。
为违法行为提供便利条件
按当事人全部收入计算。
违法承揽案件
- 承揽人提供材料：按生产商品违法所得计算；
- 定做人提供材料：按销售商品违法所得计算。
三、特殊情形处理
传销活动： 拉人头、骗取入门费的传销按全部收入计算； 团队计酬式传销（销售非自产商品）按销售收入扣除购进价款计算。 税费扣除
违法经营中已支付的税费可在认定时扣除。
四、其他注意事项
本办法适用于工商行政管理机关行政处罚案件，但法律、行政法规或政府规章另有规定的，从其规定。
以上方法综合了《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》的核心条款，确保违法所得认定的规范性与合理性。