蝙蝠的种类可根据形态特征、食性及生态习性进行划分，主要分为以下两大类：
一、大蝙蝠亚目（食果蝠）
特征 体型较大（体长可达1米以上），具有显著视觉能力，能在弱光下飞行。吻部较长且灵活，以果实、花蜜为主食。
分布与生态
主要分布于旧大陆热带、亚热带地区，如东南亚、非洲和美洲。部分种类（如狐蝠科）具有回声定位能力，而食果蝠多依赖视觉导航。
典型代表
- 狐蝠科： 如大耳蝠（耳朵占头部近1/3）、长舌狐蝠（长舌辅助取食）。 - 果蝠科
二、小蝙蝠亚目（食虫蝠）
特征 体型较小（体长通常不超过1米），依赖回声定位系统导航，吻部短小。食性多样，包括昆虫、果实、花蜜或吸血。
分布与生态
全球分布，适应性强，部分种类适应人类居住环境。在农业中发挥害虫控制作用，如游离尾蝠每年灭虫价值超10亿美元。
典型代表
- 鼠尾蝠科： 如长耳蝙蝠（超强回声定位）、大牛头犬蝠（夜间捕鱼）。 - 牛头蝠科
三、其他分类方式
科级分类：例如狐蝠科（166种）、鼠尾蝠科（1属3种）等。
生态功能：部分种类参与授粉（如龙舌兰）和种子传播。
四、特殊种类
大耳蝠：耳朵占头部1/3，用于定位猎物。
吸血蝙蝠：如牛头蝠科，以哺乳动物血液为食。
最小蝙蝠：泰国猪鼻蝙蝠（体重约1克）。
注：蝙蝠种类约962种，中国现有蝙蝠中，大蝙蝠亚目约7科30属，小蝙蝠亚目约15科。