南条爱乃被称为“炮姐”的原因主要有以下几点：
演唱主题曲：
南条爱乃演唱了《某科学的超电磁炮》的主题曲《Only My Railgun》，因此得名“炮姐”。
走音的梗：
在演唱这首高难度的歌曲时，南条爱乃曾出现走音的情况，这一特点被一些黑粉放大并加以调侃，从而产生了“走音炮”这一外号。不过，也有观点认为这个称呼逐渐被广泛接受并转变为爱称。
角色设定：
御坂美琴作为《某科学的超电磁炮》中的角色，其代号“超电磁炮”与“炮姐”中的“炮”字相呼应，这也是“炮姐”称呼的由来之一。
综合以上几点，南条爱乃被称为“炮姐”主要是因为她演唱了《某科学的超电磁炮》的主题曲，并且由于演唱中的走音情况，这一称呼逐渐被广泛接受并转变为爱称。