增值税开票流程制度如下：
税务代开流程
对于没有开票资格的单位或个人，需要前往税务局开具发票。
自行开票流程
进入防伪税控开票系统。
选择发票类型并填写相关内容。
填充购货方信息，包括名称、识别号、地址电话、开户行和账号等。
选择商品信息，包括名称、规格型号、单位、数量、含税单价等，并自动转换为不含税价。
核对价税合计，确保无误后打印发票。在打印前，需将客户和商品信息录入系统。
到税务局开票的流程
每月10日前申报增值税，核对当月认证的发票和销售货物发票，申报成功后用IC卡进行报税。
每季末后1-15日申报企业所得税，根据利润表进行申报。
每月先将凭证入账、成本资料收集，月底结账后进行纳税申报。
开票系统配置与登录
安装开票系统，完成安装后进行初始设置，包括输入税务机关提供的安全接入服务器地址并进行测试。
维护商品编码和客户编码。
读入购发票信息。
开具发票注意事项
增值税发票必须字迹清楚，不得涂改，项目填写齐全，票物相符，票面金额与实际收取金额相符。
发票联和抵扣联需加盖财务专用章或发票专用章。
专用发票需按规定的时限开具，不得开具伪造或不符合规定的发票。
发票作废与重开
如发票填写有误，需作废并重新开具。作废发票需在发票查询里进行操作，并在纸质发票上注明“误填作废”。
发票寄送与记录
财务部门对开具好的发票进行核对，并按照客户要求进行快递或邮寄，确保文件的安全性。
财务部门负责记录和统计公司的开票数据，包括开票日期、金额、发票类别等。
差额征税
在差额征税的情况下，企业需要区分差额开票与全额开票，并按照税务局的规定，通过电子税务局系统开具增值税电子发票。
以上是增值税开票流程制度的详细步骤和注意事项，希望对您有所帮助。