跨境电商企业备案流程如下：
设立公司
设立一家具有网上自有商城的进出口贸易公司，如果已经符合条件，则不需要重新设立。
准备材料
准备质量诚信经营承诺书、跨境电子商务经营主体备案信息表、营业执照、公章、法人身份证、中华人民共和国组织机构代码证、网上商城网址等所需材料。
对外贸易经营者备案
进行对外贸易经营者备案。
海关登记与检验检疫
完成海关登记和对商品进行检验检疫。
电子口岸申请
提交电子口岸申请。
跨境电商备案
在“中国国际贸易单一窗口”等平台上进行跨境电商企业备案，包括海关企业通用资质的企业备案和变更申请，并按要求上传相关附件供海关审核。
审核与结果查询
提交后等待海关审核，审核通过后可通过“单一窗口”查询备案结果。
建议在备案过程中，确保所有提交的信息真实、准确、完整，并按照相关平台的要求逐步完成每个步骤，以确保备案过程顺利进行。