跨境电商操作纳税的步骤如下：
确定纳税主体和纳税义务
根据企业类型和业务模式（如跨境进口或出口）确定纳税主体和纳税义务。
整理原始单据
收集和整理所有相关的财务数据，包括采购发票、销售订单、物流单据、银行对账单等，这些是报税的基础。
记录跨境业务收支
将每一笔收入和支出按照实际发生的汇率换算成人民币，并准确记录。
计算应纳税额
根据不同的业务类型和税收政策，计算应纳税额。注意关税、增值税、消费税等的计算。
填写纳税申报表
在国家税务总局的电子税务局网站上登录，按照系统提示填写企业的基本信息、销售数据等，并计算出应缴税款。
注册相关税务账号
在国内注册海关电子口岸账号、税务登记账号等，这些账号是报税的通行证。
了解适用的税收政策
密切关注各国和地区的税收法规变化，了解目标市场的税收政策和优惠条件，以便合规经营。
履行报关与纳税手续
准备报关单证，如发票、装箱单、原产地证明等，并在海关电子口岸申报进出口商品信息，按规定缴纳相应税费。
选择合适的报税方式
企业可以选择自主报税或委托专业的税务代理机构进行报税，具体方式需根据企业实际情况和需求决定。
建立财务和会计体系
建立完善的财务和会计体系，确保税务操作的准确性和合规性，并定期更新以适应政策变化。
及时进行税务申报和缴纳
按照规定时间通过相关税务平台进行在线申报缴税，避免逾期产生滞纳金等不利后果。
通过以上步骤，跨境电商企业可以合规地进行纳税操作，确保企业的合法性和竞争力。建议在实际操作中，企业可以寻求专业税务顾问的帮助，以应对复杂的税务问题和政策变化。