二级计算机退税操作步骤如下：
采集退税所需的增值税进货凭证和申报明细数据
增值税进货凭证的录入：
以增值税专用税票为准（13位码），不录入专用发票数据。
录入时按类似报关单号码规则填列，进货凭证号为“11位码 + 01” --税票右上角---- 扩展码（第一笔商品01、第二笔商品02……）。
出口收汇核销单的录入：
号码为9位码，即核销单右上角33加后面7位码。
录入时左对齐填列。
报关单号的录入：
报关单号为“报关单编号+空号+条数码”9位----- 1位--- 2位-0--- 第一笔01、第二笔02……。
商品码的录入：
出口退税申报中使用的商品码必须为基本商品码，标志为：“*”。
允许追加标准商品码下的名称、单位（非标准计量单位），为该公司的自加商品码，且必须用10位码（其前8或9位须为标准商品码）。
若企业开始用标准商品码申报，年中对此商品又按自加商品码申报，则可能造成前后数据不符，故在商品码管理中不允许如此追加商品码，同一企业同一商品码下的单位应在1个核算年内保持一致。
原商品码库中的商品码（即对应的信息）为标准商品码，标志为：“T”。
商品码库中有些商品计量单位设置为标准计量单位，不允许修改。
消费税从量定额征税商品的计量单位，不论是否标准计量单位，均不允许修改。
代理证明的录入：
只录入《代理出口货物证明》编号，不录入报关单号。
提交退税申报
将所有录入的数据整理成退税申报表，并按照相关税务规定进行提交。
审核和退税
税务部门会对提交的数据进行审核，确认无误后，会进行退税处理，并将退税款项退还给企业。
建议：
在进行二级计算机退税操作时，务必确保所有数据的准确性和完整性，避免因数据错误导致退税失败。
及时关注税务部门的最新政策和规定，确保按照最新的要求提交退税申报。