保税区和自贸区在多个方面存在显著区别，主要包括以下几个方面：
监管力度
保税区：在海关的特殊监管范围内，货物入区前须在海关登记，进出境内、境外或区内流动有不同的税收限制。
自贸区：在海关辖区以外，无贸易限制的关税豁免地区。
储存时间限制
保税区：货物存储有时间限定，一般为2至5年。
自贸区：货物存储期限不受限制。
货物管理方式
保税区：采用账册管理方式，货物是“暂不征税”。
自贸区：主要考虑货畅其流，采取门岗管理方式，运作手续简化，交易成本更低。
功能作用
保税区：功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限。
自贸区：一般是物流集散中心，大进大出，加工贸易发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能带动区域经济的发展。
政策优惠
自贸区：优惠政策更加全面和深入，包括关税减让、非关税措施、产业准入、金融开放等方面。
保税区：主要优惠政策集中在关税减免、增值税和消费税方面。
国际化程度
自贸区：通常具有更高的国际化程度，吸引了更多来自世界各地的企业和投资者。
保税区：相对较少涉及国际贸易，主要服务于本地区的产业发展。
适用范围
自贸区：适用范围通常较广，可以涵盖全国或特定地区的多个城市。
保税区：通常只适用于一个特定的城市或区域。
法律地位
自贸区：通过签订自贸协定，享有“境内关外”的特殊海关监管制度，即“一线放开，二线管住”。
保税区：不具备自由贸易区和自由港所拥有的海关治外法权，需在海关监管范围内进行操作。
综上所述，保税区和自贸区在监管力度、储存时间、货物管理方式、功能作用、政策优惠、国际化程度、适用范围和法律地位等方面均有明显的不同。企业在选择设立或投资时，应根据自身的实际情况和发展需求，综合考虑两者的特点和优势，做出合适的决策。