《名侦探柯南》的大结局存在多个版本，具体如下：
版本一
柯南终于找到了黑暗组织，并且知道了他们的阴谋，同时也找到了让自己恢复的药。
柯南最后和心爱的毛利兰结婚了，而灰原哀只能是有缘无分。
灰原哀的真实身份被琴酒发现，最终灰原哀杀死了琴酒，替姐姐报仇了。
版本二
黑衣组织被消灭了，但灰原哀没有成功研制出能够变回去的解药。
灰原哀知道柯南一直喜欢的是小兰，最终选择向他告白，并拿出最后一粒变小的药给小兰，然后头也不回地离开了。
版本三
柯南在机缘巧合之下找到了变回新一的方法，历经磨难，最终和新兰在一起。
灰原哀没有找到解药，无法变回宫野志保，但阿笠博士为了守护世界英勇牺牲。
工藤新一和灰原哀联手侦破了许多案件，两人的默契配合让人期待不已。
版本四
柯南会率领众多势力团对抗黑衣组织，黑衣组织被一网打尽，柯南和灰原哀都变回了原来的样子，然后新一和小兰就能永远在一起了。
灰原哀默默地离去，并会找到一个非常优秀的男朋友，少年侦探团也会解散。
版本五
《名侦探柯南》会一直连载下去，没有结局，因为作者青山刚昌不愿意给柯南设定结局。
综上所述，《名侦探柯南》的大结局存在多个版本，有多个可能的结局方向。建议关注官方渠道以获取最准确的信息。