是的，服部平次知道柯南的身份。在《名侦探柯南》中，服部平次是关西的高中生名侦探，与工藤新一并称“关东的工藤，关西的服部”。虽然一开始他并没有立即揭露柯南的真实身份，但在多个案件和情节中，他逐渐发现了真相。
具体来说，服部平次在多个场合下表现出对柯南的怀疑，并在一些关键事件中逐渐确认了柯南就是工藤新一。例如，在福尔摩斯迷杀人事件中，柯南在利用麻醉针破案时，服部平次提前醒来并意识到柯南就是新一。此外，在96话中，服部平次发现了毛利小五郎和柯南的秘密，随后知道了柯南的真实身份。
服部平次在得知柯南的身份后，并没有立即揭露，而是选择帮助柯南保守这个秘密。他理解柯南作为侦探的责任和困境，并继续与柯南合作解决各种案件。这种深厚的友情和信任使得服部平次成为了柯南最可靠的伙伴之一。