职务与职级并行制度在实施过程中存在以下主要问题：
目的不明确：
职务与职级并行的初衷是减轻领导干部的竞争压力，但实际操作中却出现了领导干部同时占用职务和职级的情况，导致普通公务员的晋升机会被挤压。
标准不鲜明：
由于职级晋升的标准不够明确，导致在实际操作中存在随意性，工龄长、任职长的公务员在达到职级晋升标准后，可能因为不搞论资排辈的理由而被忽视，为在职领导抢占职级晋升提供了条件。
职级当职务：
在实际操作中，职级往往被当作职务来使用，这导致职级的激励作用被弱化，公务员晋升通道过于狭窄，职业发展只剩下领导职务和非领导职务序列。
防腐不明显：
职务与职级并行后，虽然减少了跑官要官的腐败问题，但由于权力过于集中，标准不够鲜明，又新开辟了一条腐败渠道。
级别激励力度不够：
公务员的实际待遇主要由职务决定，级别工资占比低，且级别工资档差太小，难以形成物质上的有效激励。
职务和级别联系过于紧密：
级别主要由职务决定，未能体现职务与职级并行的初衷，导致职级的激励作用被弱化。
领导干部晋升占用职数：
一些领导干部在晋升职级时，占用领导职数，导致普通干部失去晋升机会。
“太平官”现象：
由于职级晋升与职务调整缺乏明确、强制的关联机制，一些公务员在达到职级晋升标准后，不再积极工作，成为“太平官”。
职级晋升考核机制不完善：
职级晋升缺乏客观公正的考核机制，导致晋升过程存在暗箱操作和不公正现象。
传统行政文化观念负面影响：
传统的“官本位”思想影响，使得部分领导干部将职级晋升视为个人福利，而非对工作贡献的肯定，导致不合理占位现象长期存在。
名额和数量被限定：
职级并行改革后，各单位职级的名额和数量被限定，导致普通公务员的晋升机会减少。
监督与问责机制的缺失：
晋升过程中缺乏有效监督，公众难以知晓晋升背后的操作，对违规占位行为缺乏严厉问责，导致问题恶化。
综上所述，职务与职级并行制度在实施过程中存在多方面的问题，需要从制度设计、监督机制、文化引导等多方面进行改进，以确保制度的公平性和有效性。