SSR分子标记，即简单重复序列（Simple Sequence Repeats），是一类在真核生物基因组中广泛分布的DNA串联重复序列。这些序列由几个核苷酸（通常为1到6个）组成重复单位，串联成长达几十个核苷酸的长度。SSR标记因其丰富的多态性，在多个领域有着广泛的应用，包括基因定位、QTL分析、种间杂交分析、品种鉴定和分子标记辅助选择等。
SSR标记的获取通常有两种方法：
生物信息学手段：
通过搜索数据库中的核酸序列来发现SSR标记。
分子杂交技术：
筛选基因组文库以获得SSR标记。
在找到一段重复序列后，研究人员会根据重复序列两侧保守的基因组序列设计引物，并进行PCR扩增。通过多态性分析和定位，可以确认是否为新的SSR标记。
SSR标记的主要特点包括：
数量丰富：SSR标记在基因组中的分布密度高，易于检测和分析。
共显性遗传：SSR标记通常以共显性的方式遗传，即两个等位基因都能被检测到。
多态性丰富：由于重复次数的不同，SSR标记在不同个体间表现出丰富的多态性，为遗传多样性分析提供了丰富的遗传信息。
在实际操作中，SSR标记的PCR扩增产物通常通过电泳进行分析，以检测不同个体间的多态性。通过这种方法，可以确定基因在染色体上的位置，进而进行遗传图谱的构建和基因功能的分析。
总之，SSR分子标记作为一种重要的遗传学工具，在基因组研究和生物技术领域发挥着关键作用。