在日本开设跨境电商店铺的步骤如下：
注册企业
可以选择在日本境内设立分公司或直接注册日本公司。
外资企业需要在日本银行开设企业银行账户，申请税务登记证明，然后到注册机关进行注册。
申请许可证
需要申请“跨境电子商务经营许可证”或“跨境电子商务平台经营许可证”，具体取决于业务模式。
申请税务登记
在日本税务局进行税务登记，需提供企业注册证明、许可证和其他相关材料。
开设银行账户
需要提供公司注册证明、许可证和税务登记证明等材料来开设企业银行账户。
选择电商平台
可以选择亚马逊、eBay、雅虎拍卖等日本知名电商平台。
考虑平台的用户群体、商品种类、服务质量等因素。
开设店铺
在选好的电商平台上开设店铺，需提供企业注册证明、许可证和税务登记证明等材料。
上架商品
确保商品描述符合日本消费者的语言和文化习惯，建议聘请专业翻译人员进行翻译。
物流配送
可以选择FBA（Fulfillment by Amazon）服务或FBM（Fulfillment by Merchant）模式，根据自身情况选择合适的物流方式。
了解市场和消费者行为
深入了解目标市场的文化和需求，选择合适的产品和品牌策略。
多账号管理
如果计划在多个平台或地区同时运营，建议使用防关联工具如云登指纹浏览器来管理账号，避免因关联问题导致审核失败。
通过以上步骤，可以顺利在日本开设跨境电商店铺。建议在开店前充分了解日本市场的特点和消费者需求，选择合适的电商平台和物流方式，以确保店铺的顺利运营。