电商补发商品的税务处理方式如下：
增值税
一般纳税人：需按照订单金额的约13%来缴纳增值税。
小规模纳税人：需按照订单金额的1%来缴纳增值税。
个人所得税
电商卖家需要按月销售额计算个人所得税，月销售额不超过10万元的，免征增值税。
个人所得税方面，根据不同情况，可能适用累进税率或比例税率，如劳务报酬所得适用累进税率，稿酬所得适用20%的比例税率。
其他税费
电商还需缴纳消费税、企业所得税等。
对于无票收入，企业也需在增值税纳税申报表中如实申报，确保账目清晰准确，避免税务风险。
申报与缴纳
企业需根据当地税务机关的要求，准确填写税务申报表和相关申报材料，包括销售清单、进口报关单、发票等。
在税务机关审核申报材料后，应及时缴纳税款，并妥善保存相关证明文件和记录。
利用税收政策
电商企业可以了解并利用国家出台的税收优惠政策，如平台经济中的自然人可以享受月销售额15万元以下免征增值税的优惠，主要看是否做了税务登记。
建议：
电商企业应确保及时进行税务申报和缴纳，避免因漏报、错报而产生税务风险。
合理利用税收优惠政策，降低税负。
保持账目清晰，确保所有收入都有相应的凭证和记录，以便在税务机关审核时能够提供准确的信息。