电商纳税自查可以通过以下几个步骤进行：
登录电子税务局
对于已经办理市场主体登记的网店，可以登录电子税务局或到主管税务机关纳税服务大厅查询税种认定与企业所得税征收方式。如果未办理或认定有误，应及时补正。
核对成本费用
核查成本费用支出是否与取得收入相关、是否合理、是否与收入配比，以及是否跨过会计年度。虚开发票和不符合规定的成本费用不得在所得税前扣除。
检查发票
确保所有交易都有真实货物或服务，且符合“货物或服务、资金、发票”三流一致。没有真实货物或服务的交易，无论是否存在资金回流，均属于虚开发票。
查询直播营销人员情况
直播营销人员应登录所在地省级税务机关网站—自然人税收管理系统，查询是否办理过注册登记，未办理的应及时办理。
审查银行账户资金流动
税局会审查银行账户的资金流动情况，以核实企业的真实收入情况。
核对第三方支付平台交易记录
通过与第三方支付平台（如支付宝、微信支付）进行数据共享协议，获取商户的交易明细，包括交易时间、金额、交易双方信息等，以帮助税务机关核实企业的真实收入情况。
检查物流发货记录
核对与物流公司的发货记录和对账，确保账目记录一致，避免隐瞒收入。
对比企业申报数据与网络平台数据
对比企业申报的销售额和网络平台的销售数据，如果发现不一致或有隐瞒收入的情况，可能被认为有偷税漏税行为。
关注税务风险提示
留意税局发布的风险自查提示或通过大数据分析比对发现的风险，及时进行自查和纠正。
通过以上步骤，电商企业可以全面了解自身的纳税情况，及时发现并纠正可能存在的问题，确保税务合规。建议企业定期进行自查，并保持与税务机关的良好沟通，以降低税务风险。