面对电商自查补税的情况，电商企业可以采取以下措施：
及时补税：
对于已经收到补缴通知的商家，应尽快按照税务机关的要求进行补缴，避免因延迟补缴而产生更多的罚款和利息。
主动合规：
商家应主动进行税务合规，确保所有商业行为都符合税务规定。可以通过出口退税等方式，合法合规地减少税务负担。
增强税务意识：
提高对税务法规的认识和理解，确保所有商业行为都符合税务规定，避免因无知而导致的税务问题。
专业咨询：
寻求专业税务顾问的帮助，确保税务申报的准确性和合规性。专业税务顾问可以提供专业的税务筹划和解决方案，帮助商家规避潜在的税务风险。
长期规划：
从长期角度审视企业的税务策略，避免因短期利益而造成长期的税务风险。制定合理的税务规划，确保企业的可持续发展。
重视邮件信箱：
税局通常会通过邮件通知商家进行自查和补税，商家应特别留意自己的邮件信箱，及时回复税局的通知，避免因未及时回复而导致店铺被关闭。
按时完整申报：
做到按时完整申报、缴纳税金，避免出现错误申报和异常申报行为，如大额退税等。特别需关注申报周期转换的问题，根据当地税务机构规定的申报周期及时操作。
通过以上措施，电商企业可以更好地应对自查补税的情况，确保企业的合法合规运营，并减少潜在的税务风险。