在上海，电商公司开票的流程如下：
建立电子商务税务登记制度
纳税人需到主管税务机关办理电子商务登记，并填报相关税务登记表。
提供企业网址、电子邮箱地址以及计算机加密钥匙的备份等网络资料。
实行财务软件备案制度
企业使用财务软件时，必须向税务机关提供软件名称、版本号和密码等信息，并经审核批准后方可使用。
启用电子商务交易专用发票
通过电子商务达成交易后，必须开具专用发票，并通过电子邮件将专用发票发送至银行账户，以便进行电子账号的款项结算。
纳税人在银行设立的电子账户必须在税务机关登记，并使用真实的居民身份证。
采用电子申报纳税方式
纳税人通过访问税务机关网站进行用户登录，填写申报表并进行电子签章，将申报数据发送到税务局数据交换中心。
开具发票
电商企业根据实现的收入情况开具相应内容、数量、单价、金额的发票。
账务处理方面，实现收入时借记“银行存款”等科目，贷记“主营业务收入”和“应交税费——应交增值税（销项税额）”；结转成本时借记“主营业务成本”，贷记“库存商品”。
使用税务助手小程序
可以通过微信搜索“税务税务发票助手”小程序，生成企业二维码并完善公司信息，以便于开具发票。
数电开票
身份登陆认证后，可以通过相应的平台进行日常开票和紧急开票，注意选择统一的开票方和确保发票类型正确。
使用自动开票系统
票捷IMS等系统可以根据预设的开票规则和税率，自动实现开票和回传，提高开票效率和准确性。
增值税专用发票邮寄
增值税专用发票将邮寄到指定的地址，若地址变更，所有待邮寄的发票都会邮寄到更新后的地址。
建议：
电商企业应严格按照税务机关的要求建立和执行相关税务登记和财务软件备案制度，以确保合规开票。
考虑使用电子发票和自动开票系统，以提高开票效率和准确性，减少人工操作错误。
定期更新和维护税务登记信息，确保税务合规。