电商公司开票的流程如下：
建立电子商务税务登记制度
纳税人需到主管税务机关办理电子商务登记，填报相关税务登记表，并提供企业网址、电子邮箱地址及计算机加密钥匙备份等网络资料。
实行财务软件备案制度
企业使用财务软件时，必须向税务机关提供软件名称、版本号和密码等信息，经审核批准后方可使用。
启用电子商务交易专用发票
每次通过电子商务达成交易后，必须开具专用发票，并通过电子邮件将专用发票发送至银行，以便进行电子账号的款项结算。同时，纳税人在银行设立的电子账户必须在税务机关登记，并使用真实的居民身份证。
采用电子申报纳税方式
纳税人通过访问税务机关网站进行用户登录，填写申报表并进行电子签章，将申报数据发送到税务局数据交换中心。
根据实际收入情况开具发票
电商企业需根据实际收入情况开具相应内容、数量、单价、金额的发票。实现收入时，账务处理为：借：银行存款等科目，贷：主营业务收入，应交税费—应交增值税（销项税额）。结转成本时，账务处理为：借：主营业务成本，贷：库存商品。
使用发票管理工具
电商企业可以使用各种发票管理工具，如宜算发票、小望电商通、票捷IMS等，这些工具可以帮助企业自动化开票、批量开票、自动回传发票等，提高开票效率和准确性。
遵循电商平台的开票流程
卖家在交易完成后，需登录电商平台的卖家中心，找到开票相关选项，根据平台要求填写发票信息并提交发票申请，等待平台审核并开具发票。一般来说，电商平台会在15个工作日内将发票寄送给卖家。
建议
选择合适的发票管理工具：根据企业规模和业务需求，选择适合的发票管理工具，以简化开票流程，提高工作效率。
确保税务合规：严格遵守税务机关的规定，及时办理电子商务登记和财务软件备案，确保发票开具的合法性和规范性。
优化开票流程：通过自动化工具和技术手段，优化开票流程，减少人工操作，降低出错率，提高工作效率。