计算机存储指令的方式如下：
内存存储：
计算机指令一般存放在 内存中，包括随机存取存储器（RAM）和只读存储器（ROM）。当计算机执行程序时，这些指令首先被加载到RAM中，以便中央处理器（CPU）可以快速访问和执行它们。此外，指令也可以存储在硬盘驱动器（HDD）、固态驱动器（SSD）或其他类型的辅助存储设备中，然后在需要执行时加载到RAM中。
二进制存储：
计算机中的指令和数据采用二进制存储。计算机指令是指挥机器工作的指示和命令，程序就是一系列按一定顺序排列的指令，执行程序的过程就是计算机的工作过程。数据在计算机系统中，各种字母、数字符号的组合、语音、图形、图像等统称为数据，数据经过加工后就成为信息，而数据就是信息的表现形式和载体。数据和信息是不可分离的，数据是信息的表达，信息是数据的内涵。
ROM存储：
在某些情况下，像BIOS或操作系统启动阶段，部分指令可能也会暂存在ROM（只读存储器）里。ROM是一种非易失性存储器，它的内容在断电时不会丢失。ROM中的指令和程序是通过电子器件的物理结构来编程的，常见的编程方式包括了程序员采用编程器对ROM进行编程，或者在制造过程中采用固定电路来编程。
总结：
计算机指令主要存储在内存中，包括RAM和ROM，以便CPU能够快速读取和执行。指令以二进制形式存储，数据和指令是不可分离的。ROM中的指令和程序在断电后不会丢失，通常通过物理结构编程。