计算机软件损失可以通过以下方法确定：
可得利润损失法
定义：以权利人在被侵权期间可得利润的减少作为权利人的损失。
计算公式：损失额 = 软件的单位平均利润 × （月标准销售量 × 侵权时间（月数） - 在被侵权期间的实际销售量）。
关键问题：
月标准销售量的确定：
如果软件投放市场后销售情况较好，呈上升趋势，则以被侵权前最后一个月的正常销售量作为月标准销售量。
如果软件投放市场后，销售量不具上升趋势，而是上下波动，则可取其被侵权的月平均销售量。
侵权开始时间的确定：
如果可以查明盗版上市时间，则以盗版上市时间作为侵权开始时间。
如果不能确定盗版上市时间，且市场上没有较大的不利于该类软件销售的情况，则可以将软件销售量锐减的月份作为侵权的开始时间。
软件的单位平均利润：应是净利润，而不是毛利润。
优点：所得出的损失额比较接近于实际损失，且适用范围广，适用于大部分软件侵权案。
不足：没有考虑到市场因素的影响，当市场变化较大时，不宜采用这种方法。
侵权获利法
定义：以侵权者侵权所获利润作为权利人的损失。
计算公式：损失额 = 侵权者的净利润。
关键问题：
取证困难：对侵权者的销售情况取证困难，不易确定侵权者的真实获得情况。
软件特性：计算机软件属知识密集型产业，开发费用大，投资高，但复制容易，因此仅以查获的非法利润所得作为权利人的损失可能不客观。
适用情况：
当权利人与侵权者的销售地区不在一个区域，侵权者的侵权行为对权利人的销售情况影响不大时，可以采用这种方法。
需要对侵权者的销售情况进行深入、细致的调查，确定其获利情况。
市场因素考虑
市场份额及竞争力：软件侵权所造成的间接损失主要为权利人丧失的市场份额及市场竞争力上的削弱。
商业信誉：商业信誉的损失也应计算在内。
制止侵权行为的合理费用：包括合理的律师费用等。
法律依据
根据《中华人民共和国著作权法》，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿；实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。赔偿数额还应包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
建议
选择合适的方法：根据案件的具体情况选择最合适的损失确定方法。如果市场变化较大，可得利润损失法可能不太适用，而侵权获利法则需要更深入的调查和取证。
综合考虑各种因素：在确定损失时，不仅要考虑直接损失，还要考虑间接损失和制止侵权行为的合理费用。
收集充分证据：无论采用哪种方法，都需要收集充分的证据来支持损失的计算，特别是对于侵权获利法的应用，取证工作尤为重要。