巴尔喀什湖东咸西淡的原因主要包括以下几点：
地理位置和气候差异
东部：位于内陆，降水稀少，蒸发旺盛，且缺少河流注入，导致湖水盐分逐渐积累，形成咸水湖。
西部：有伊犁河等河流注入，提供了大量淡水，降低了湖水的盐度，形成淡水湖。
地形和水道
中部狭窄：巴尔喀什湖中部由萨雷姆瑟克半岛和乌泽纳拉尔水道分成东西两部分，狭窄的水道使得两边湖水难以充分混合，进一步加剧了盐度差异。
伊犁河的影响：伊犁河自东向西注入湖的西半部，占到了总入水量的75%~80%，而东半部几乎没有淡水河流注入，导致东半部盐度较高。
蒸发和降水
东部：由于地处内陆，降水量少，蒸发量大，导致湖水盐分不断积累。
西部：有河流注入，提供了充足的淡水，同时蒸发量相对较小，使得湖水保持较低的盐度。
综上所述，巴尔喀什湖东咸西淡的主要原因是东部缺乏淡水河流注入，蒸发量大，而西部有伊犁河等河流注入，提供了大量淡水，同时中部狭窄的水道阻碍了两边湖水的充分混合。这些因素共同作用，导致了巴尔喀什湖东西两侧湖水盐度的显著差异。