当前综合行政执法改革在取得一定成效的同时，也面临一系列问题，主要包括以下几个方面：
执法手段不足
综合行政执法部门在行使处罚权时，手段单一且多为“难啃的骨头”，面对复杂多样的违法行为，存在立案难、取证难、执行难等问题。
执法协作不畅
改革前，各执法系统相对独立，管理措施和执法手段紧密衔接。但改革后，虽然解决了多头执法的问题，但综合行政执法部门在行使处罚权时，仍需原职能部门的协助，导致协作机制不完善，影响执法效率。
职能划分不清
行政监管的责任归属存在争议，导致职能部门和综合行政执法部门在监管职责上存在交叉和推诿现象，引发职权交叉和执法空白。
执法队伍素质参差不齐
基层执法人员多为组建时划转进入，素质参差不齐，对综合执法政策理解和相关法规掌握不充分，缺乏专业的法制审核人员和执法领域专业人员。
执法理念滞后
部分执法人员仍存在“执法就是处罚”的观念，忽视事前监督机制的建立，以罚代管，方法简单。
执法制度建设滞后
执法制度建设滞后，导致执法依据不充分，执法效率低下，甚至出现执法不公和执法违法的现象。
管理与执法职责边界不明
改革后，管理与执法职责分离，导致管理、执法分离带来的不协调问题，以及处罚环节的不协调问题，部门职责交叉问题仍然存在。
执法范围不统一
综合行政执法的范围没有统一标准，导致执法标准和力度不一致，影响执法效果和形象。
执法压力传导不畅
由于末端执法与前端管理部门分属不同部门，协调难度高，效率低，导致执法压力无法顺畅传导至前端管理部门，影响综合管理的效果。
基层执法力量薄弱
基层执法队伍力量较薄弱，执法不规范，存在分段执法或失公正的问题。
建议
针对上述问题，建议从以下几个方面进行改进：
完善执法手段：
增加适用的执法手段，提升执法效率和效果。
加强执法协作：
建立健全执法协作机制，确保各部门之间的紧密配合。
明确职能划分：
明确行政监管的责任归属，避免职权交叉和执法空白。
提高执法人员素质：
加强执法人员的培训和教育，提升其专业素质和执法能力。
转变执法理念：
树立以预防为主、处罚为辅的执法理念，建立事前监督机制。
加快制度建设：
完善执法制度，确保执法依据充分，提高执法效率。
明确管理与执法职责：
明确管理与执法的职责边界，确保管理、执法分离但不失协调。
统一执法范围：
制定统一的执法范围和标准，确保执法的公正性和一致性。
加强压力传导：
建立有效的压力传导机制，确保执法压力能够顺畅传导至前端管理部门。
增强基层执法力量：
加强基层执法队伍建设，提升基层执法的规范性和公正性。