电商补缴税的操作步骤如下：
确定补税范围
对电商平台上的所有交易进行补税，包括B2B、B2C、C2C等模式。
对跨境电商平台上的交易进行补税，确保税收公平。
对个人代购行为进行补税，以防止税收流失。
税务核定
税务部门根据电商经营者的经营情况核定应纳税额，电商经营者按照核定结果进行缴纳。
代扣代缴
电商平台在结算时自动扣除应纳税款，并代为缴纳给税务部门。
自行申报
电商经营者自行向税务部门申报应纳税额，并按时缴纳税款。
提交申报材料
企业需根据当地税务机关的要求，准确填写税务申报表和相关申报材料，包括销售清单、进口报关单、发票等。
审核与缴税
在税务机关审核申报材料后，应及时缴纳税款，并妥善保存相关证明文件和记录。
利用税收政策
企业可以合理利用国家出台的税收优惠政策，优化税务策略。
应对税务稽查
如果电商企业被查税，应了解相关税法规定，准备充分的申辩材料，并按照税务机关的指示进行补缴税款和罚款。
建议电商企业在补缴税时，务必遵循当地税务机关的具体规定和要求，确保所有申报和缴纳流程合法合规，避免因税务问题导致不必要的法律风险和经济损失。同时，企业应积极了解并利用国家提供的税收优惠政策，合理降低税负。