要将商品从电商平台上发货到日本，您可以选择以下几种物流方式：
国际快递
DHL、 UPS、 FedEx：适合高价值商品和急单，速度快（2-5天），全程追踪，但费用较高，可能产生关税。
日本专线物流
适合中小型包裹和电商订单，时效稳定（5-7天），清关能力强，价格介于邮政小包和国际快递之间。
邮政小包
适合低价值、小件商品，运费便宜，适合批量发货，但时效较慢（7-15天），部分渠道无追踪。
海外仓
适合长期经营的卖家，本地发货，配送仅需1-3天，提升客户体验，但需提前备货，仓储成本高。
集运服务
通过集运公司（如集运100）集中收货、打包、发货，提供多种渠道（空运、海运），费用透明，适合电商卖家。
EMS
日本邮政公司运营，时效高，稳定性强，适合重要文件和物品，但价格较高。
其他转运服务
通过第三方转运公司（如京港达国际转运）发货，价格可能更优惠，但需注意选择可靠的服务商。
建议
选择合适的物流方式：根据商品价值、时效要求和预算选择最合适的物流方式。
了解清关要求：提前查阅日本海关政策，确保商品符合规定，避免包裹被扣。
使用可追踪的物流方式：选择可全程追踪的物流方式，减少客户催单。
优化包装：确保包装牢固，符合日本环保标准，减少运输途中损坏。
提供多种配送选项：满足不同客户的需求，提高客户满意度。
通过以上方式，您可以高效地将商品从电商平台发货到日本，确保物流顺畅和客户满意。