电商运营公司想要退掉合作，可以考虑以下几个步骤：
沟通原因
首先需要与运营公司进行沟通，明确想要退出合作的具体原因。这有助于判断是否有合同上的依据或者需要双方协商解决问题。
审查合同
审查当初签订的合作合同，查看是否有关于退出合作、退款条件或者违约责任的相关条款。如果有，按照合同规定执行。
资产清算
如果公司面临解散，需要先进行资产清算，确保所有债权债务都得到妥善处理，避免后续纠纷。
提交注销申请
根据当地法律法规，向相关部门提交注销申请，包括注销申请书、股东会决议、清算报告等必要文件。
协商解决
如果合同中没有明确退款条款，或者存在争议，可以尝试与运营公司进行友好协商，寻找双方都能接受的解决方案。
法律途径
如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决退款问题。根据合同条款和相关法律规定，非违约方有权要求退款，并可能要求赔偿。
注意时效
在整个过程中，需要注意相关时效问题，比如合同规定的退款期限、法律诉讼的有效期等。
建议
提前约定：在签订合同时，尽量明确约定退出合作和退款的相关条件，以减少后续的纠纷。
专业咨询：在处理此类问题时，建议咨询专业的法律顾问，确保自身权益得到最大保障。
保留证据：在整个过程中，保留好所有相关的沟通记录、合同文档、财务凭证等，以便在需要时提供证据支持。