跨境电商退税的申请流程如下：
办理跨境电商备案
企业需要在海关进行备案，提供企业的注册信息、经营范围、财务报表等相关资料。备案成功后，企业才可以从海关进口商品并销售。
信息上传系统进行三单比对
企业需要将订单、支付、物流等信息上传至系统进行三单比对，清单核放。
报关
跨境电商企业定期汇总清单生成报关单进行申报，海关出具报关单退税证明。
办理结汇手续
企业通过电子口岸系统申领的核销单到外管局办理结汇手续。
退税申报
企业通过纳税申报和出口货物退（免）税申报系统进行退税申报，并带相关资料税务批复后，去税务办理退税申请手续，从而退税。
准备申请材料
退税前需要准备相关的证件和文件，如购物发票、出口货物报关单、完税证明等。
填写申请表格
在申请前需要填写退税申请表格，填写相关信息，如个人或企业信息、退税金额等。
提交申请材料
将填好的申请表格和相关证件和文件提交到当地相关部门，如海关、税务局等。
审核申请材料
相关部门会对申请材料进行审核，核对个人或企业信息和所提供的证件和文件是否一致。
批准退税申请
审核通过后，相关部门会批准退税申请，并将退税金额转入个人或企业账户中。
建议企业在申请退税前，仔细了解相关政策和规定，确保所有资料和文件的真实性和完整性，以提高退税申请的通过率。同时，企业也可以咨询当地税务局或专业代理，以获得更详细的指导和帮助。