深圳跨境电商的退税流程如下：
前期准备
确保企业已办理进出口经营权，并在海关和税务机关完成相关备案和登记。
企业应为增值税一般纳税人，并符合出口退税政策的其他要求。
收集和整理出口退税所需的各类单证，包括但不限于出口货物报关单、出口销售发票、进货发票、收汇凭证等，确保所有单证真实、完整、准确，且符合税务机关的要求。
退税登记与备案
向主管税务机关提交退税登记申请，填写《出口企业退税登记表》并提供相关资料。
完成出口退（免）税备案手续，包括在电子税务局中进行备案登记。
数据录入与申报
登录电子税务局或出口退税申报系统，录入出口退税相关数据。
根据系统提示，填写出口货物明细、进货发票信息、收汇情况等，并核对数据的准确性和完整性。
生成退税申报表并进行自检，确保数据准确无误。
将退税申报表及相关资料提交至主管税务机关进行审核。
审核与审批
税务机关对提交的退税申请进行审核，包括核对出口货物的真实性、退税金额的准确性等。
如需进一步核实情况，税务机关可能会要求企业提供补充资料或进行现场核查。
经审核无误后，税务机关将出具审批通知单，批准企业的退税申请。
审批通过后，税务机关将按照规定的程序和时间安排，将退税款项打入企业指定的银行账户。
后续管理
企业收到退税款后，应及时进行账务处理，确保退税款项的准确性和合规性。
此外，自2025年1月27日起，跨境电商出口海外仓可“离境即退税”，即纳税人在货物报关离境后，即可申报办理出口退（免）税。
建议企业在办理跨境电商出口退税时，确保所有流程和资料符合最新的政策和要求，并与当地税务机关保持沟通，以便及时获取最新的指导和帮助。