电商公司查税的方式主要有以下几种：
银行账户资金流动审查
税务机关会审查电商企业银行账户的资金流动情况，以核实企业的实际收入。
第三方支付平台交易记录核对
税务机关会与第三方支付平台（如支付宝、微信支付）进行数据共享，获取商户的交易明细，包括交易时间、金额、交易双方信息等，以核实企业的真实收入情况。
物流发货记录对账
税务机关会检查电商公司与物流公司的发货记录，并进行对账，以确保销售交易的真实性。
网络平台销售数据对比
税务机关可以与网络平台合作，获取商家的销售数据，包括销售额、交易数量、退货情况等信息，以协助税收管理和查验。
电子税务局软件查询
电商公司可以通过电子税务局软件查询自身的纳税信用状态信息，包括评价年度等，从而了解企业的纳税情况。
税务登记信息查询
电商公司可以登录所在地税务的网站，进行税务登记信息的查询，输入税号、公司名称即可获取相关信息。
国税网上申报系统查询
电商公司可以在国税网上申报系统中的数据查询中查询自身的申报纳税情况，包括基本信息、申报、是否有逾期、办理过的事项等。
个人所得税客户端查询
电商公司可以通过个人所得税客户端，登录后查看任职受雇信息，确认自己目前交税的公司是否正确。
税务局官网查询
电商公司可以登录当地税务局的官网，进行公司税务信息的查询。
建议电商公司定期进行税务自查，确保各项申报数据的真实性和准确性，及时了解和遵守最新的税收法规，以降低税务风险。