电商公司处理税费的方法如下：
增值税处理
一般纳税人：提供平台服务时，按6%的税率开具增值税发票；若同时销售货物或提供服务，则按相应行业税率缴纳增值税。
小规模纳税人：月销售额10万元以下免征增值税，超过部分按1%征收增值税。
企业所得税
一般企业：利润按5%至35%的税率征收个人所得税，具体税率取决于企业类型和利润情况。
小微企业：100万元以内利润按2.5%征收，100-300万元部分按10%征收，超过300万元部分按25%征收。
其他税费
附加税费：包括城建教育费附加、水利建设基金等，通常以实际缴纳的增值税税额为基数计算。
印花税、房产税和土地使用税：若公司自营商品或有自有房屋和土地，需缴纳相应税费。
税收优惠政策
税收洼地：在税收洼地园区成立个体工商户，可享受核定征收的个税优惠，或享受地方政府出台的税收返还政策。
跨境电商税务处理
增值税和关税：需遵守各国的税收法规，合理规划税务，避免合规风险。
出口退税：跨境电商企业可享受出口退（免）税操作，具体操作指引可咨询相关部门。
建议电商公司在处理税费时，咨询专业的税务顾问或会计师，确保合法合规，降低税务风险，提高运营效率。