电商卖家科学纳税的方法如下：
了解税法法规
确保合规经营，了解目标市场的税法法规，包括进口税、消费税、增值税等，并定期报告并缴纳相关税款。例如，美国的EIN、欧盟的VAT号等税务登记号码，都是企业进入这些市场前必须获取的。
建立专业账户，规范账务管理
开设专用的企业银行账户，与电商平台结合使用，便于资金管理和监控。及时记录所有销售订单和采购订单的交易流水，包括订单号、金额、货品信息等，以备查账和报税之需。
准确申报税款，避免税务风险
根据当地税务机关的要求，准确填写税务申报表和相关申报材料，包括销售清单、进口报关单、发票等。在税务机关审核申报材料后，应及时缴纳税款，并妥善保存相关证明文件和记录。
利用税收政策，优化税务策略
关注并合理利用国家和地方政府的税收优惠政策，例如，针对小微企业的税收减免、针对高新技术企业的税收优惠等，以降低税负，提高盈利能力。
规范发票管理
依据实际发生的业务来开具发票和让他人为自己开具发票，以确保不触及虚开发票的风险。
合理安排资金流
合理安排资金流，避免在税务检查时因资金流异常而引发税务风险。合理安排资金流也有助于优化税务筹划，如通过合理安排付款时间来延缓纳税义务的发生。
建立完善的内部控制体系
包括财务管理制度、发票管理制度、纳税申报制度等，通过完善的内部控制体系，可以确保财务数据的准确性和完整性，降低税务风险。
寻求专业税务咨询
在纳税筹划过程中，可以寻求专业税务咨询机构的帮助，以确保纳税筹划的合规性和有效性。
及时关注税收政策的变化
电商卖家需要及时了解税收政策的变化，比如小规模纳税人的税收优惠政策，如果符合条件，一定要及时申请享受。
科学记账
建立清晰的账目体系，把每一笔收入和支出都详细记录下来。按照业务类型分类记账，比如把和产品直接相关的费用归为一类，营销推广的归为一类，这样账目清楚，以后查账也方便。
通过以上方法，电商卖家可以科学纳税，确保税务合规，降低税务风险，提高企业的经济效益。