跨境电商公司退税流程如下：
办理跨境电商备案
企业需要在海关进行备案，提供企业的注册信息、经营范围、财务报表等相关资料。备案成功后，企业才可以从海关进口商品并销售。
信息上传系统进行三单比对
企业需要将订单、支付、物流等信息上传系统进行三单比对，清单核放。
报关
跨境电商企业定期汇总清单生成报关单申报，海关出具报关单退税证明。
申领核销单并办理结汇手续
企业通过电子口岸系统申领的核销单到外管局办理结汇手续。
退税申报
企业通过纳税申报和出口货物退（免）税申报系统进行退税申报，并带相关资料税务批复后，去税务办理退税申请手续，从而退税。
审核和批准退税
企业的退税申请会被税务部门审核，审核合格后，税务部门会批准退税，并将退税款项转入企业的账户。
建议：
企业在整个退税流程中，务必确保所有提交的单证真实、完整、准确，并按照税务机关的要求进行操作。
了解并熟悉相关政策和规定，以便在遇到问题时能够及时解决。
保持与税务部门的良好沟通，确保退税流程顺利进行。