当跨境电商企业需要进行补税时，一般需遵循以下操作流程：
年度或季度税务申报：
企业需按照税务部门要求的时间节点，进行年度或季度的税务申报。在申报时，需提供详细的销售数据、利润表等财务信息。
计算应缴税款：
税务部门根据企业提供的财务信息，计算出企业实际应缴纳的所得税额。若该金额超过已核定的4%税额，则需进行补税。
缴纳补税：
企业需在规定时间内，将应补缴的税款缴纳至税务部门指定账户。缴纳方式一般包括网上银行、电子税务局等。
税务稽查：
对于需要进行补税的企业，税务部门可能会进行进一步的税务稽查，以确认企业的纳税情况和合规性。
此外，补税方案还应该解决跨境电商税收征收的合理性问题，明确对跨境电商的税收征收原则，避免出现税收逃避现象。同时，应当通过税收协定或合作机制，维护税收的合理性和公平性。
建议企业在进行税务申报和补税时，确保所有财务信息的准确性和完整性，并与专业的税务顾问或会计师合作，以确保合规性和最大限度地减少税务风险。