电商商家补税的方式主要有以下几种：
自行申报
电商经营者需要自行向税务部门申报应纳税额，并按时缴纳税款。这种方式适用于所有电商经营者，包括B2B、B2C、C2C等模式下的商家。
代扣代缴
电商平台在结算时自动扣除应纳税款，并代为缴纳给税务部门。这种方式简化了商家的税务处理流程，适用于各种电商交易模式。
税务核定
税务部门根据电商经营者的经营情况核定应纳税额，电商经营者按照核定结果进行缴纳。这种方式确保了税收的公平性和准确性。
明确纳税主体
在制定补税方案时，应当明确电商平台的责任，作为纳税主体对平台上销售的商品进行申报和纳税。这有助于解决传统贸易中纳税主体不明确的问题。
建立监管机制
制定电商补税方案时，应当建立起配套的监管机制，如通过大数据分析和人工智能技术，实现对电商交易的实时监控和税收征收。这有助于防止税收逃避现象。
解决税收合理性问题
电商补税方案应当明确对跨境电商的税收征收原则，通过税收协定或合作机制，维护税收的合理性和公平性。
利用税收优惠政策
电商企业可以利用国家提供的税收优惠政策，如减免增值税等，但需确保符合相关条件和规定。
应对税务稽查
电商企业在面对税务稽查时，应当准备好相关财务记录和凭证，积极配合税务部门的工作，并按照要求补缴税款和罚款。
建议
合规经营：电商商家应严格遵守国家税收法规，确保所有交易均合规，避免偷税漏税行为。
选择合适的补税方式：根据自身经营情况选择自行申报、代扣代缴或税务核定等方式，确保税务处理的准确性和便捷性。
建立完善的财务和税务管理系统：通过专业的财务和税务管理系统，实时监控和记录交易情况，确保税务申报和缴纳的及时性和准确性。
积极沟通：在面对税务问题时，积极与税务部门沟通，寻求专业指导和帮助，确保税务合规。