电商补税的处理方式主要涉及以下几个方面：
电商平台作为纳税主体
电商平台需要对平台上销售的商品进行申报和纳税。这意味着电商平台需要对其平台上的每一笔交易进行记录和核算，并按照相关税法规定进行缴税。
建立有效的监管机制
由于电商交易涉及的商品数量庞大且由不同商家销售，监管难度较大。因此，制定电商补税方案时应建立配套的监管机制，确保所有交易都在有效监控之下，防止偷税漏税行为的发生。
按小规模纳税人政策补缴税款
如果电商公司在被税务稽查时仍为小规模纳税人，则应按照小规模纳税人的相关政策进行税款补缴。例如，2022年一季度销售收入500万的电商公司，若按1%的征收率计算，则需缴纳增值税税款5万元。
积极配合税务稽查
当电商公司收到税务稽查通知时，应积极配合，提供相关的销售流水、银行流水等证据，以便税务机关进行核查。同时，电商公司需要对流水进行清分，区分真实销售和刷单销售，并准备好刷单时的相关证据。
按适用税率补缴税款
对于一般纳税人来说，销售货物适用的增值税税率是13%。如果电商公司按此税率进行销售，则按13%的税率补缴税款是合理的。
准备相关财务证据
在补税过程中，电商公司需要准备充分的财务证据，包括销售合同、发票、银行流水等，以证明其销售行为的真实性。这些证据将有助于税务机关判断电商公司的纳税情况，并确定应补缴的税款金额。
注意政策变化
税收政策可能会有所变动，电商公司需要时刻关注政策变化，确保其纳税行为符合最新的税法规定。例如，某些优惠政策可能仅适用于特定时间段或特定条件，电商公司需要确保自身符合这些条件。
综上所述，电商补税的处理需要电商平台作为纳税主体，建立有效的监管机制，并按照相关税法规定进行税款补缴。同时，电商公司需要积极配合税务稽查，提供充分的财务证据，并注意政策变化，以确保其纳税行为的合规性。