电商公司缴纳增值税的流程如下：
确定纳税义务
确认公司是否具有国税，包括增值税和所得税的申报周期（一般增值税按月申报，所得税按季申报）。
增值税计算
小规模纳税人：增值税 = 商品销售收入（不含税） × 3%（按月申报）。
一般纳税人：增值税 = 商品销售收入（不含税） × 17%（按月申报），可以抵扣进项税。
附加税费计算
城市建设维护税：应纳增值税 × 7%（按月申报）。
教育费附加：应纳增值税 × 3%（按月申报）。
堤围防护费：营业收入 × 0.02%（某些地区可能不收）。
个人所得税代扣代缴
无论工资薪金是否超过2000元，都需要进行全员全额申报。
企业所得税计算
所得税 = 利润总额 × 25%（按季申报）。
申报流程
如果是网报，每月15号以前通过电子税务局提交财务报表和申报表（加盖公章）。
如果不是网报，则每月15号以前携带财务报表和申报表到所属国税局申报，并根据国税填写地税申报表以及个人所得税代扣代缴表到所属地税局申报。
其他注意事项
对于月销售额10万元以下（含本数）或季度销售额30万元以下（含本数）的增值税小规模纳税人，免征增值税。
增值税小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收增值税。
建议：
电商公司应确保及时进行税务登记，并根据自身情况选择适合的纳税方式（小规模纳税人或一般纳税人）。
定期整理和保存财务报表、申报表等相关资料，以确保申报流程的顺利进行。
关注税收政策的变化，及时调整纳税策略，以合法享受税收优惠。